一般在肛瘘的治疗上，手术是较为合适的选择方案，但也可能会出现手术过后肛瘘复发的情况，这并不代表手术对于肛瘘治疗来说没有作用，疾病复发可能是由于多个因素的影响。

①内口处理不当：这种情况的发生可能是因为内口没有确定准确，没有将感染的原发病灶彻底清除，但在肛瘘手术治疗后多能治愈；

②肛门腺处理不当：肛门腺感染是肛瘘的重要病因之一，因此若处理不当，很可能会引起肛瘘在手术后复发；

③其他疾患的影响：合并有糖尿病、白血病、克隆病、溃疡性结肠炎等疾病患者，可能也有术后复发的风险，这就需要患者积极治疗原发病，预防并发症；

④愈合情况不良：术后换药不到位，创口过早粘合，形成假愈合；

⑤癌变：久治不愈的肛瘘尚存在癌变风险，不可忽视；

⑥疾病新发：患者可能由于各种原因，会产生新的肛瘘从而误认为是手术后复发。